Secure Shell (SSH])^[1][2], es un software cuya principal función es permitir la conexión remota segura a sistemas a través de canales inseguros, aunque también se utiliza para la ejecución de órdenes en ese sistema remoto o transferir archivos desde o hacia él de manera fiable.

GPG o GNU Privacy Guard^[3][4] es una herramienta para cifrado y firmas digitales, que viene a ser un reemplazo del PGP (Pretty Good Privacy) pero con la principal diferencia que es software libre licenciado bajo la GPL. GPG utiliza el estándar del IETF denominado OpenPGP.

TrueCrypt^[5] es una aplicación para cifrar y ocultar en el ordenador datos que el usuario considere reservados empleando para ello diferentes algoritmos de cifrado como AES, Serpent y Twofish o una combinación de los mismos. Permite crear un volumen virtual cifrado en un archivo de forma rápida y transparente.

Netfilter es un framework disponible en el núcleo Linux que permite interceptar y manipular paquetes de red. Dicho framework permite realizar el manejo de paquetes en diferentes estados del procesamiento. Netfilter es también el nombre que recibe el proyecto que se encarga de ofrecer herramientas libres para cortafuegos basados en Linux.

El componente más popular construido sobre Netfilter es iptables, una herramientas de cortafuegos que permite no solamente filtrar paquetes, sino también realizar traducción de direcciones de red (NAT) para IPv4 o mantener registros de log. El proyecto ofrecía compatibilidad hacia atrás con ipchains hasta hace relativamente poco, aunque hoy día dicho soporte ya ha sido retirado al considerarse una herramienta obsoleta. El proyecto Netfilter no sólo ofrece componentes disponibles como módulos del núcleo sino que también ofrece herramientas de espacio de usuario y librerías.

iptables es el nombre de la herramienta de espacio de usuario mediante la cual el administrador puede definir políticas de filtrado del tráfico que circula por la red. El nombre iptables se utiliza frecuentemente de forma errónea para referirse a toda la infraestructura ofrecida por el proyecto Netfilter. Sin embargo, el proyecto ofrece otros subsistemas independientes de iptables tales como el connection tracking system o sistema de seguimiento de conexiones, o que, que permite encolar paquetes para que sean tratados desde espacio de usuario. iptables es un software disponible en prácticamente todas las distribuciones de Linux actuales.

TCP Wrappers se encarga de definir una serie de redes o máquinas autorizados a conectar con nosotros. Cualquier administrador que desee un mínimo de seguridad ha de instalar TCP Wrappers en sus equipos; incluso algunos Unices como Linux o BSDI lo ofrecen por defecto al instalar el operativo.

La herramienta Tripwire es un comprobador de integridad para archivos y directorios de sistemas Unix: compara un conjunto de estos objetos con la información sobre los mismos almacenada previamente en una base de datos, y alerta al administrador en caso de que algo haya cambiado.

En 1998 surgió Nessus, un analizador de vulnerabilidades gratuito, de código fuente libre. Este programa detecta vulnerabilidades de seguridad en sistemas Unix y redes, desde fallos conocidos en el software hasta políticas incorrectas.

Crack, desarrollado por el experto en seguridad Alec Muffet, es el 'adivinador' de contraseñas más utilizado en entornos Unix; actualmente se encuentra en su versión 516.5, que funciona correctamente en la mayoría de clones del sistema operativo (Linux, Solaris, OSF...). Ejecutar periódicamente Crack sobre el archivo de contraseñas de sus sistemas es algo muy recomendable para cualquier administrador mínimamente preocupado por la seguridad, sin importar que se utilicen mecanismos para obligar a los usuarios a elegir passwords aceptables.