Graficamente hay muchas herramientas para este proposito yo mencionare la que utilizo actualmente su nombre es Cryptkeeper bien para instalarlo usando sudo o como root:
apt-get install cryptkeeper
Deben tener corriendo su servicio de fuse:
/etc/init.d/fuse start
Deben tener su usuario agregado al grupo fuse asi:
usermod -g fuse TuUsuario
Ahora una vez hecho eso iniciamos cryptkeepery que es muy fácil de usar así alt+f2 oHerramientas del Sistema>Cryptkeeper:
cryptkeeper
Ahora veremos el icono en la bandeja del sistema limpio para usarlo es así:
Seleccionamos la carpeta a cifrar:
Seleccionamos la carpeta a cifrar:
Asignamos el password:
Enseguida tendremos montada la carpeta cifrada:
En el icono de la bandeja del sistema se crea, monta y desmonta los archivos o carpetas que tenemos o seleccionaremos a cifrar: